《人類記憶――南京大屠殺實證》（英文版、日文版），人民出版社。

《最后的證言:49位南京大屠殺幸存者口述歷史》，社會科學文獻出版社。

《被改變的人生――南京大屠殺幸存者口述生活史》，江蘇鳳凰文藝出版社。

《烙印，南京1937》，江蘇鳳凰教育出版社。

《南京大屠殺研究――日本虛構派批判》，上海交通大學出版社。

《國家公祭――解讀南京大屠殺死難者國家公祭日資料集④》，南京出版社。

《紫金草》叢書（1―6），東南大學出版社。

《侵華日軍暴行史研究》（第二輯）（4冊）：《傷害仍在繼續(xù)――侵華日軍遺棄化學武器問題研究》《紀實：南京的淪陷與暴行》《鐵蹄下的南京》《南京文化的劫難（1937―1945）》，南京出版社。

《向著光亮那方》（戰(zhàn)爭和平故事繪本），南京出版社。

《記憶的紋理：媒介、創(chuàng)傷與南京大屠殺》（精裝本），中國人民大學出版社。

《雪中血：南京，1937》，江蘇鳳凰文藝出版社。

《永不忘卻：段月萍南京大屠殺研究文選》，南京出版社。

《抗戰(zhàn)中的中山陵》，江蘇人民出版社。

《歷史上黑暗的一頁：英國外交文件、海軍部檔案與美國海軍情報報告中記載的南京大屠殺與劫后社會狀況》，江蘇人民出版社。

《1937年：南京記憶》，江蘇鳳凰少年兒童出版社。

《南京安魂曲》，江蘇鳳凰文藝出版社。

《紫金草》，江蘇鳳凰文藝出版社。

《共同見證：1937南京大屠殺圖集》，譯林出版社。